Sejak tahun lalu jurnal-jurnal yang ada di Universitas Islam Negeri (UIN) Alauddin Makassar berbenah menata kelola kembali mekanisme penerbitan jurnal. Hingga saat ini terdata ada 68 jurnal di laman http://journal.uin-alauddin.ac.id/. Ke 68 jurnal tersebut merupakan jurnal-jurnal yang diterbitkan oleh Universitas, Lembaga, Fakultas, dan Jurusan-jurusan yang ada di kampus. Rata-rata jurnal tersebut terbit 2 kali dalam setahun. Dari data terbaru, keseluruhan jurnal-jurnal tersebut hingga saat ini telah menghasilkan (mempublikasi secara online) artikel ilmiah sebanyak 4713.

Namun demikian, tidak semua jurnal-jurnal tersebut terkelola dengan baik disebabkan beberapa masalah, terutama yaitu ketika aturan akreditasi jurnal ilmiah yang terbaru di mana salah satu syaratnya ialah menerapkan sistem tata kelola jurnal berbasis online. Paradigma tata kelola jurnal berbasis cetak (printed) mesti dialihkan dengan mengikuti perkembangan teknologi yang ada saat ini. Mekanisme pengajuan akreditasi pun saat ini harus online (lihat di sini Mekanisme Akreditas Jurnal). Tentu setiap pengelola-pengelola jurnal ada saat ini memiliki kemampuan yang berbeda-beda ketika dihadapkan dengan sistem berbasis online tersebut. Oleh karena itu, pada tahun 2017, Wakil Rektor 1 membentuk sebuah Tim Pendamping yang ditugasi untuk mendampingi setiap pengelola jurnal tersebut guna membenahi tata kelola jurnal mereka masing-masing, khususnya yang berkaitan dengan sistem online itu dan mengikuti setiap standar-standar akreditasi jurnal ilmiah yang berlaku.

Alhamdulillah, pada hari Selasa (17 Juli 2018), berdasarkan SK Dirjen Penguatan Riset dan Pengembangan Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 21/E/KPT/2018 pada Tahap 1 (satu)  ini terdapat 730 jurnal-jurnal di Indonesia yang terakreditasi Nasional. 13 (tiga belas) di antaranya ialah jurnal-jurnal yang terbit di Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar. Menurut Tim Pendamping, insha Allah jumlah jurnal terakreditasi Nasional di kampus akan bertambah lagi di akhir tahun ini jika jurnal-jurnal tersebut tetap konsisten mengikuti standar akreditasi jurnal ilmiah dan juga peraturan yang baru saja dibuat oleh Kemenristekdikti yakni Permenristekdikti Nomor 9 Tahun 2018 Tentang Akreditasi Jurnal Ilmiah. 

Ke 13 Jurnal-jurnal dari UIN Alauddin yang telah lebih dulu terakreditasi Nasional adalah:

1.  Jurnal Adabiyah (Jurnal yang diterbitkan FAH)
2.  Lentera Pendidikan : Jurnal Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (Jurnal yang diterbitkan FTK)
3.  Al-Kimia (Jurnal yang diterbitkan Jurusan Kimia FST)
4.  ETERNAL (English, Learning, Teaching and Research Journal) (Jurnal yang diterbitkan Jurusan Pendidikan Bahasa Inggris FTK)
5.  Biogenesis : Jurnal Ilmiah Biologi (Jurnal yang diterbitkan Jurusan Biologi, FST)
6.  Khizanah al-Hikmah : Jurnal Ilmu Perpustakaan, Informasi, dan Kearsipan (Jurnal yang diterbitkan Jurusan Ilmu Perpustakaan FAH)
7.  Jurnal Iqtisaduna (Jurnal yang diterbitkan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam)
8.  JPP : Jurnal Politk Profetik (Jurnal yang diterbitkan Jurusan Ilmu Politik, FUF)
9.  JICSA : Journal of Islamic Civilization in Southeast Asia (Jurnal yang diterbitkan Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar)
10.  Jurnal Biotek (Jurnal yang diterbitkan Jurusan Pendidikan Biologi, FTK)
11.  Al-Sihah : The Public Health Science Journal (Jurnal yang diterbitkan Program Studi Kesehatan Masyarakat, FKIK)
12.  Jurnal INSTEK (Informatika Sains dan Teknologi) (Jurnal yang diterbitkan Jurusan Teknik Informatika, FST)
13.  Jurnal MINDS : Manajemen Ide dan Inspirasi (Jurnal yang diterbitkan Jurusan Manajemen, FEBI)