Jumlah 64 jurnal saat ini di UIN Alauddin Makassar, belum satu pun terakreditasi secara nasional. Mekanisme pengajuan akreditasi jurnal sejak tahun 2014 lalu telah berbasis online. Artinya, setiap pengolal jurnal di manapun sudah sepatutnya mengubah paradigma tata kelola jurnal mereka. Bersama Tim Pengelola Jurnal Online UIN Alauddin Makassar, rapat yang dilaksanakan pada hari Selasa 16 Januari 2018 pukul 13.00 di Gedung Rapat Senar Rektorat Lt.1 membahas tentang pemantapan pengelolaan jurnal di kampus ini. Wakil Rektor I, yang sekaligus sebagai ketua tim, didampingi oleh BIRO Akademik dan Kemahasiswaan dan Kasubag Perencanaan UIN Alauddin Makassar duduk bersama para pengelola jurnal se UIN Alauddin yang hadir ketika itu mengharapkan akan ada salah satu, atau lebih dari satu jurnal di kampus ini yang dapat terakreditasi pada tahun 2018 ini. Dukungan finansial juga akan diberikan bagi jurnal-jurnal yang telah siap untuk mengajukan akreditasi pada Maret 2018 nanti, disampaikan langsung oleh Kasubag Perencanaan UIN Alauddin Makassar.
Saat ini, telah ada tiga jurnal yang berada pada kategori sinta S3 dan dua lagi jurnal pada kategori sinta S3.
