Perpustakaan UIN Alauddin pada awalnya bernama Perpustakaan IAIN Alauddin Makassar yang didirikan pada tanggal 10 November 1965 bersamaan dengan peresmian IAIN Alauddin Makassar dan bertempat di sebelah selatan gedung Universitas Muslim Indonesia, Jl. Kakatua tepatnya di satu ruangan kantor sekolah persiapan IAIN sampai pada Tahun 1967.

Pertengahan Tahun 1967-1974, Perpustakaan IAIN berpindah tempat sebanyak tiga kali hingga akhirnya menetap di Jl. Sultan Alauddin dan menempati lantai dua gedung Fakultas Syariah. Pada Tahun 1975 perpustakaan mengalami kebakaran sehingga dipindahkan ke gedung Fakultas Tarbiyah dan bersambung dengan ruangan Lembaga Pusat Bahasa.

Pada Tahun 1977 Lembaga Pusat Bahasa IAIN dilebur dengan perpustakaan sampai awal tahun 1998. Kemudian di Tahun 2004 Perpustakaan IAIN pindah ke gedung berlantai tiga (bekas Gedung Pasca Sarjana UIN Alauddin Makassar). Pada Tahun 2009 perpustakaan melakukan transformasi bentuk layanan dari konvensional ke otomasi, yang ketika itu menggunakan ELiMS (Electronic Library Management System). Pada tahun 2011, lokasi perpustakaan pindah ke kampus 2 Samata Gowa, tepatnya di Jl. Sultan Alauddin No 36 Romangpolong Samata Gowa (sekarang Jl. H. M. Yasin Limpo) dan resmi disebut sebagai UPT (Unit Pelaksana Teknis) Perpustakaan UIN Alauddin.

Nama pimpinan UPT Perpustakaan UIN Alauddin sejak masih bernama IAIN Alauddin Makassar Tahun 1965 hingga sekarang menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Alauddin Makassar yaitu sebagai berikut:

1. Syamsuddin
2. Nursiah Hamid
3. Andi Ibrahim
4. Irvan Mulyadi (2009-2013)
5. Himayah (2013-2015)
6. Muh. Quraisy Mathar (2015-2019)